Sinh viên có bằng cử nhân và bằng Cao Học Thần học, hoặc bằng thần học có chất lượng cung cấp nền tảng thần học tương đương, hoặc trình độ học vấn tương đương, từ một trường cao đẳng, đại học hoặc chủng viện được chuẩn nhận có thể nộp đơn xin theo học chương trình Thạc sĩ Thần học (Th.M.). Mục đích của chương trình này là nâng cao hơn nữa kiến thức của sinh viên trong một lĩnh vực chuyên ngành thần học cụ thể. Đặc biệt thông qua việc đào tạo và thực hành cách sử dụng các phương pháp và công cụ nghiên cứu thần học, chương trình này chuẩn bị cho sinh viên sẵn sàng trong mọi công tác mục vụ hoặc công tác giảng dạy hoặc để tham gia các chuyên ngành nghiên cứu chuyên sâu. Thông thường, đây là chương trình nền tảng để sinh viên tiếp tục với chương trình tiến sĩ.
Trường TTS cung cấp chương trình cấp bằng Thạc sĩ Thần học (Th.M.) về Cựu Ước Học, Tân Ước Học, Thần học Hệ thống, Lịch sử Thần học, Thần học Thực hành và Truyền giáo học.
Sinh viên phải đạt được 30 tín chỉ để tốt nghiệp (24 tín chỉ của các môn học tại lớp hoặc học riêng với giáo sư và 6 tín chỉ của luận án). Chương trình này có thể được hoàn tất trong hai năm đến ba năm, trong đó sinh viên có thể học tới 9 tín chỉ mỗi học kỳ. Chương trình này không nên kéo dài đến 5 năm. Hy Lạp Căn Bản và Hê-bơ-rơ Căn Bản là điều kiện bắt buộc và không được tính vào chương trình học. Học viên nào chưa có các môn cổ ngữ thì phải học bổ sung để đạt được điều kiện tốt nghiệp. Học viên chuyên ngành Kinh Thánh phải có các môn cổ ngữ nâng cao. Để có mức tín chỉ cao hơn trong mỗi học kỳ, sinh viên phải làm đơn chính thức để được trưởng khoa hoặc Giám học (Academic Dean) phê duyệt.
Tổng số tín chỉ để Tốt Nghiệp: Số tín chỉ tối thiểu cần thiết cho văn bằng Th.M. là 30. Bên cạnh đó học viên phải thi đậu kỳ thi Kiến Thức Tổng Quát Thần Học và Kinh Thánh (Theology Exam); và hoàn thành luận văn (Thesis) tốt nghiệp khoảng 120-150 trang, trong đó bao gồm cả phần Bảo Vệ Luận Văn Tốt Nghiệp. Luận văn tốt nghiệp là công trình nghiên cứu chuyên sâu và là một trong những phần chính yếu trong chương trình Th.M.
Chuyên ngành:
1. Cựu Ước Học: Ngũ Kinh Môi-se, Nghiên Cứu Các Sách Văn Thơ, Giải Nghĩa Các Sách Tiên Tri, Văn Chương Vùng Cổ Cận Đông, và Các Chuyên Ngành Cựu Ước Khác.
2. Tân Ước Học: Các sách Phúc Âm, Thư Tín Phao-lô, Thư Tín Tổng Quát, Nghiên Cứu Sách Khải Huyền, Hội Thánh Đầu Tiên.
3. Thần Học Hệ Thống: Cứu Thục Học, Đấng Christ Học, Thần Học Ba Ngôi, Thánh Linh Học, Nhân Loại Học, Hội Thánh Học.
4. Lịch Sử Thần Học: Thời kỳ Giáo phụ học từ năm 100 SCN năm 400;
Thời Trung Cổ và thời kỳ phục hưng từ năm 500 SCN năm 1500;
Thời kỳ Cải Chánh và sau cải chánh từ năm 1500 SCN năm 1750;
Thời kỳ hiện đại từ năm 1750 SCN đến nay.
5. Thần Học Thực Hành: Các lĩnh vực thần học liên quan đến thực tiễn bao gồm thần học ứng dụng trong lĩnh vực truyền giáo, giáo dục Cơ đốc, tâm lý học trong mục vụ hoặc triết lý phát triển hội thánh, nghiên cứu quản lý hội thánh, giảng dạy, đào tạo và tư vấn tâm linh, thần học mục vụ, tâm linh. hướng dẫn, thần học về đời sống tâm linh, thần học về chính trị, thần học về công lý và hòa bình và các lĩnh vực tương tự.
6. Truyền Giáo Học: Truyền giáo học là “khoa học về truyền thông đa văn hóa của đức tin Cơ đốc”. Ba ngành trực tiếp và cho phép nghiên cứu truyền giáo học: thần học (chủ yếu dựa vào Kinh thánh làm nền tảng cho lĩnh vực nghiên cứu về con người, tôn giáo, văn hoá của người bản xứ), nhân chủng học (bao gồm tôn giáo người bản xứ, ngôn ngữ bản xứ, văn hóa đa chiều và xuyên văn hóa) và lịch sử truyền giáo.